העברת מסר חשאי בשעת סכנה דורשת תכנון מדויק ושימוש בצופן שרק השותפים לסוד יבינו. יהונתן קובע סימן מוסכם שיאפשר לדוד לקבל את האזהרה ולהמשיך להסתתר, מבלי שאף אדם שעלול להיות בסביבה יבין את המשמעות האמיתית של הדברים [ביאור שטיינזלץ].
כאשר יהונתן יקרא לָעֶלֶם, כלומר לנער [מצודת ציון], ויאמר לו שהחצים נמצאים מִמְּךָ וָהָלְאָה מתקבלת הוראת הבריחה. משמעות המילים היא שהחץ נפל הלאה ממקום עמידתו של הנער, וכדי לייצר את הסימן הזה בפועל, יהונתן מתכנן לירות חץ נוסף שייפול הרחק מהראשון [מצודת דוד]. הופעת הסימן המלא מעידה על כך שהסכנה ברורה ומיידית, ולכן על דוד לברוח מיד. לעומת זאת, אם יופיע רק חלק מהסימן, הדבר יעיד על כך שהמצב עדיין מסופק [מלבי"ם].
הוראת הבריחה מלווה במילים לֵךְ כִּי שִׁלַּחֲךָ ה'. הפרשנים מסבירים כי קריאה זו אינה רק ציון עובדה, אלא מסר של השגחה והצלה. משמעות הדברים היא שה' בעצמו אומר לדוד לברוח ולהימלט [רש"י], וכי ההליכה הזו תהיה לטובתו ותציל אותו מחרבו של שאול [מצודת דוד, רד"ק]. יהונתן מבקש להרגיע את דוד ולומר לו שעצם הבריחה היא חלק מהשגחת ה' עליו [מלבי"ם]. בנוסף, מאחר שקיים חשש שזו הפעם האחרונה שהם מתראים, יהונתן חותם את דבריו בברכת פרידה זו המפקידה את דוד בידי שמיים [ביאור שטיינזלץ].