ברגע של משבר דרמטי, אדם יחיד קם מתוך העדה ונוקט פעולה נחרצת שמצילה את העם מכיליון. מעשהו של פנחס משלב בתוכו קנאות לחוק, עשיית דין, ותפילה נוקבת.
המילה וַיַּעֲמֹד מתארת את קימתו של פנחס מתוך הקהל כדי לפעול [מצודת דוד]. לצד זאת, חז"ל לומדים ממילה זו כי "עמידה" היא ביטוי לתפילה, ומשווים זאת לעמידתו של אברהם אבינו שתיקן את תפילת שחרית [תורה תמימה].
עיקר הדיון הפרשני סובב סביב המילה וַיְפַלֵּל, אשר מתפרשת בשני אפיקים מרכזיים המשלימים זה את זה: דין ותפילה.
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה נגזרת מהשורש פ.ל.ל, במשמעות של עשיית דין ומשפט בעניין חמור, כמו המילה "פלילים" [רד"ק, אבן עזרא, מלבי"ם, מצודת ציון]. פנחס עשה דין לעצמו [ביאור שטיינזלץ], שפט את זמרי על מעשה הניאוף הפומבי וחייב אותו מיתה [מאירי]. במעשהו זה, פנחס פסק את ההלכה הקובעת כי "הבועל ארמית קנאים פוגעים בו". הוא הורה הלכה למעשה בפני משה רבו, ולימד כי במקום שיש בו חילול ה' אין חולקים כבוד לרב, וזאת משום שידיו של משה רפו באותה עת והוא שכח את ההלכה [אלשיך].
מנגד, מסורת חז"ל דורשת את המילה וַיְפַלֵּל מלשון תפילה וויכוח עם ה'. לפי פירוש זה, פנחס לא רק עשה דין בחוטאים אלא "עשה פלילות עם קונו" – הוא השליך את החוטאים לפני ה' וזעק לפניו: "ריבונו של עולם, על אלו יפלו עשרים וארבעה אלף מישראל?". בזכות תפילה זו, זכו הכהנים לקבל לדורות את מתנת "הלחיים" מהקורבנות [תורה תמימה].
בעקבות מעשהו, וַתֵּעָצַר המגפה, כלומר נמנעה ופסקה [מצודת ציון]. הפרשנים מציינים כי אף על פי שבפועל הצלחתו של פנחס התאפשרה רק בזכות שרשרת של ניסים גלויים שה' עשה לו, כגון מלאכים שסייעו לו והעובדה שהרומח לא נשמט מידו, המגפה נעצרה בזכות עצם ההחלטה שלו לקנא לכבוד ה' ולעשות משפט [אלשיך, תורה תמימה].