עם סיום נדודי המדבר והכניסה לארץ ישראל, מתחיל שלב חדש במסכת חטאי העם. הפרשנים מסכימים כי התקופה הנידונה כאן היא ימי יהושע בן נון וההתנחלות בארץ. החטא המרכזי הוא כי בני ישראל לֹא הִשְׁמִידוּ אֶת הָעַמִּים, כלומר הם לא קיימו את הציווי המפורש שניתן להם בתורה להשמיד ולגרש לחלוטין את יושבי הארץ המקומיים.
במקום לקיים את ההוראה האלוהית המקורית שלא להחיות כל נשמה ושלא לאפשר לגויים לשבת בארץ, העדיפו בני ישראל להשאיר רבים מהעמים המקומיים בחיים בקרבם ולהפוך אותם לתושבים המעלים להם מס [רש"י, מאירי].
הפרת הציווי אֲשֶׁר אָמַר ה' לָהֶם טמנה בחובה את התגשמות האזהרה האלוהית המוקדמת, ולפיה העמים שייוותרו בארץ יהפכו למכשול ולמעמסה. ואכן, כתוצאה מהשארתם, התערבו בני ישראל בעמים אלו, למדו את מנהגיהם והידרדרו לעבודה זרה ולשפיכות דמים [מלבי"ם, מאירי]. בראייה היסטורית רחבה יותר, יש הרואים באזכור חטא זה חלק מתפילתם של בני הגלות, המזכירים לפני ה' כי למרות שהדורות הראשונים חטאו והפרו את ציוויו המפורש מיד עם כניסתם לארץ, הוא בכל זאת לא עזב אותם לחלוטין [אלשיך].