מעשהו הקנאי של פנחס לא רק שעצר את המגפה, אלא גם זיכה אותו בגמול נצחי החורג מגבולות הזמן והמשפט הרגיל. פעולתו של פנחס הייתה חריגה מבחינה הלכתית, שכן הוא ביצע הריגה ללא קבלת רשות מבית הדין של הסנהדרין [מאירי], ואף הורה הלכה בפני רבו, מעשה שבדרך כלל מחייב עונש מיתה [אלשיך]. על אף זאת, וַתֵּחָשֶׁב לוֹ לִצְדָקָה נזקף המעשה לזכותו העצומה ולצדקה [מצודת דוד, מאירי]. יתרה מכך, ה׳ צירף את כוונתו הטובה למעשה עצמו, שכן המגפה נעצרה מיד כאשר קם והתייצב לדון את החוטאים, עוד בטרם ביצע את ההריגה בפועל [אלשיך].
הפרשנים מסכימים כי הזכות והצדקה שנחשבו לו באו לידי ביטוי בברית הכהונה שהוענקה לו ולזרעו. המילים לְדֹר וָדוֹר עַד עוֹלָם מתייחסות להבטחה האלוהית שעיקר שושלת הכהונה הגדולה תצא ממנו ותישמר לנצח. לצד זאת, יש המפרשים את הנצחיות הזו כהבטחה אישית לפנחס עצמו: צדקתו הצילה אותו ממוות והעניקה לו חיי נצח. לפי גישה זו, המילים לְדֹר וָדוֹר מציינות שהוא זכה לחיות לאורך דורות רבים, והמילים עַד עוֹלָם מרמזות לכך שלבסוף עלה בסערה השמימה כאליהו הנביא, והוא חי לעד [אלשיך].