המעבר בים סוף היווה רגע של היפוך סדרי טבע, שבו מצולות הים הסוערות הפכו לדרך כבושה ויבשה עבור בני ישראל. התערבותו של ה' מתוארת כפעולה עוצמתית המשנה את פני המציאות, ומאפשרת הליכה בטוחה במקום שבו טמונה סכנת חיים.
המילה וַיִּגְעַר מתפרשת בקרב רוב הפרשנים כהשאלה לרוח הקדים העזה ששלח ה' כדי להדוף את מי הים [רד"ק, אבן עזרא, מאירי]. מנגד, יש המציגים תמונה ציורית יותר, ולפיה ה' כביכול נזף בים, והים נסוג בבושה מפניו [ביאור שטיינזלץ]. כתוצאה מאותה גערה הים וַיֶּחֱרָב, כלומר התייבש לחלוטין [מצודת ציון], כאשר ההתייבשות התרחשה באופן ממוקד באותו אזור שבו עברו בני ישראל [מאירי].
המשך התיאור, וַיּוֹלִיכֵם בַּתְּהֹמוֹת, מצביע על כך שהם הובלו אל המקומות השפלים ובעומק הים [אבן עזרא, מצודת דוד]. המעבר בתוך התהום מציב קושי טבעי של ירידה תלולה ועלייה קשה, ולכן התרחש נס נוסף שבו קרקעית הים התרוממה והפכה לדרך ישרה ונוחה להליכה [מלבי"ם].
ההליכה במצולות מתוארת כַּמִּדְבָּר, שכן בני ישראל צעדו בחרבה במקום שאין בו מים, בשעה שמי הים ניצבו להם כחומה [אבן עזרא, רד"ק, מצודת דוד, מאירי]. להשוואה זו למדבר ישנו רובד נוסף הנוגע לתלונותיהם של בני ישראל. העם חשש וטען שקרקעית הים נותרה בוצית, ולכן ה' ייבש את האדמה עד שהפכה יבשה לחלוטין כמו יובשו האינסופי של המדבר, ובכך סילק את תלונותיהם [אלשיך, מלבי"ם]. מעבר ליובש הפיזי, ההשוואה למדבר מלמדת גם על ההשגחה האלוהית: כשם שבמדבר דאג ה' לכל צורכיהם והם לא חסרו דבר, כך גם בהליכתם בתוך תהומות הים הם לא חסרו מאומה [מנחת שי].
לצד הקריאה המקובלת של המילה כַּמִּדְבָּר (בכ"ף), קיימת גם מסורת קריאה שלפיה המילה נכתבת "במדבר" (בבי"ת), וכך הפירוש הוא שמיקומו של ים סוף היה בתוך אזור המדבר [רש"י, מנחת שי].