ההיצמדות לבעל פעור וחטאי הזנות הובילו לתגובה אלוהית קשה ומיידית. המילים וַיַּכְעִיסוּ בְּמַעַלְלֵיהֶם מכוונות למעשים שבהם העם זנה עם הנשים ועבד עבודה זרה [רד"ק], וכן לכלל החטאים שחטאו באותו מעמד [ביאור שטיינזלץ]. מעשים אלו הרחיקו אותם מה' ונעשו מתוך כוונה להכעיסו, כאשר השיא היה במעשהו הפומבי של זמרי [אלשיך].
כתוצאה מכך, וַתִּפְרָץ בָּם מַגֵּפָה. המילה וַתִּפְרָץ מבטאת התחזקות, התעצמות וריבוי [מצודת ציון, מצודת דוד, רד"ק]. מסתבר כי עוד בטרם מעשהו של זמרי החלה מגפה קלה, אך בעקבות חטאו היא שבה והכתה בעוצמה אדירה שאיימה לכלותם [אלשיך]. המגפה יצרה פירצה וקרחה גדולה בעם, והפילה עשרים וארבעה אלף חללים [מאירי, מצודת דוד]. פגיעתה הקשה ניכרה במיוחד בשבט שמעון, שאיבד כמחצית מאנשיו, עובדה המשתקפת במפקד האוכלוסין שנערך לאחר מכן ובמעורבותו של נשיא השבט בחטא [אבן עזרא].