חוויית הבידוד והייאוש מבוטאת דרך דימוי של אפלה עמוקה ונצחית, המשליכה הן על מצבו הפיזי והנפשי של האדם והן על מציאות רוחנית ואינטלקטואלית מורכבת.
ברמה המילולית, המילה בְּמַחֲשַׁכִּים מתארת מצב של חושך כפול ומוחלט, חושך בתוך חושך [אבן עזרא]. הישיבה באפלה זו נדמית למצבם של כְּמֵתֵי עוֹלָם, מתים השרויים באפלה נצחית שאין לה סוף [ביאור שטיינזלץ, צאינה וראינה]. הדימוי למת מבטא תחושת ייאוש עמוקה מכל רפואה או ישועה, שכן האדם מרגיש כאילו נשכח זכרו מלב הכל, ממש כמת שעבר מן העולם [פלגי מים]. מתוך הקבלה זו, למדו חכמים כי אדם סומא נחשב כמת, דבר הממחיש את עוצמת הצער שבחסרון המאור ואת הצורך להתפלל ולבקש רחמים על מצב זה [תורה תמימה].
לצד המשמעות הפשוטה, קיימת מסורת פרשנית ענפה, המבוססת על התלמוד, הרואה בפסוק אלגוריה ללימוד התלמוד הבבלי. לפי גישה זו, בְּמַחֲשַׁכִּים הוֹשִׁיבַנִי רומז לאופי הלימוד בבבל, שבו החכמים הקשו זה על זה, ההלכה לא הייתה ברורה להם מיד, והם נאלצו לגשש את דרכם תחילה כמו באפלה [תורה תמימה].
מפרשים מאוחרים יותר מעמיקים בגישה זו ורואים בחושך התלמודי מאבק רוחני של ממש. בירור האמת ההלכתית נעשה מתוך מציאות תחתונה וחשוכה, והוא דורש עמל ויגיעה עצומים כדי לשבור את כוחות ההסתרה והטומאה המעלימים את האור [נחל אשכול, חומת אנך]. הקושיות העולות בלימוד נובעות מאותה הסתרה המחשכת את עיני הלומד. לכן, המאמץ האינטלקטואלי הכביר, המשא ומתן ההלכתי, ואף הזיעה הניגרת במהלך הלימוד מתוך המאמץ, נועדו להחליש כוחות אלו. כאשר החכמים מצליחים לתרץ קושיות וליישב סתירות, הם למעשה שוברים את מעטה החושך, מוכיחים כי הקושי אינו אמיתי, ובכך מתגלה ומופיע אור ההלכה הבהיר [חומת אנך].