הפסוק מבטא את התחושה הקשה של הסתרת פנים וריחוק מאת ה', לצד תוצאותיו ההרסניות של החורבן, אך טומן בחובו גם קריאה מפתיעה של חסד נסתר. מבחינה לשונית, המילה סַכּוֹתָה נגזרת משורש בעל אותיות כפולות [אבן עזרא].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים מבינה את המילים סַכּוֹתָה בָאַף כיצירת מחיצה וחסימה. מאחר שה' לא סלח לעוונות העם, הוא חצץ והקים מחיצה של כעס המפרידה בינו לבין ישראל [רש"י, פלגי מים]. מחיצה זו של זעם, שכביכול ה' התלבש בה [צאינה וראינה], הסתירה את העם מעיני ה' והובילה למציאות הקשה של וַתִּרְדְּפֵנוּ, שבה ה' רודף את עמו [ביאור שטיינזלץ].
גישה אחרת מפרשת את הפסוק כתיאור של שתי צרות עצומות שהתרחשו במקביל: רעב ומלחמה. לפי פירוש זה, סַכּוֹתָה בָאַף מתייחס לרעב. במקום שה' יסוכך על הארץ בעננים כדי להוריד גשם, השמיים נאטמו, והעם כוסה בכעס בלבד. יתרה מזאת, ענני השמיים מוקמו גבוה במיוחד במטרה לשמש כמחיצה החוסמת את תפילות העם מלעבור. במקביל לרעב, המילה וַתִּרְדְּפֵנוּ מכוונת לאויבים המהירים שרדפו אחרי העם המותש. התוצאה הטראגית, הָרַגְתָּ לֹא חָמָלְתָּ, מסכמת את המוות הכפול: הרג מחרב האויב הרודף בחוץ, וחוסר חמלה מאימת הרעב מבית [לחם דמעה].
מנגד, קיימת נקודת מבט ייחודית ההופכת את משמעות הפסוק על פיה ורואה בו ביטוי לחסד ולרחמים. המונח סַכּוֹתָה מבטא ביסודו הגנה וסכך, ומתעוררת השאלה כיצד תיתכן הגנה בתוך כעס ואף. התשובה לכך היא שעצם הגירוש לגלות היה מעשה של חסד. אילו ה' היה מעניש את ישראל בעודם בארצם, הוא היה מכלה אותם לחלוטין ובאופן של הָרַגְתָּ לֹא חָמָלְתָּ. אולם, באמצעות הגלות והמרדף המרומזים במילה וַתִּרְדְּפֵנוּ, ה' הגן על העם והבטיח את קיומו בזכות ההבטחה המקראית הפותחת במילה "ואף" ("ואף גם זאת בהיותם בארץ אויביהם..."). כלומר, סַכּוֹתָה בָאַף פירושו שה' סוכך והגן על ישראל באמצעות הבטחת ה"ואף", ובחר לרדוף ולהגלות אותם כדי להימנע מהשמדתם המוחלטת [אלון בכות].