נס בקיעת הסלע והוצאת המים במדבר, שאירע ברפידים, התרחש כתהליך פלאי ההולך ומתעצם בניגוד לחוקי הטבע [רד"ק, מלבי"ם, מאירי]. תחילת הנס הייתה כאשר ה' פָּתַח צוּר, כלומר בקע סלע [ביאור שטיינזלץ], וַיָּזוּבוּ מָיִם. הפועל "ויזובו" מצביע על כך שבתחילה המים יצאו במידה מועטת ונטפו טיפין טיפין [מצודת ציון, מלבי"ם, אלשיך].
אולם, השלב השני של הנס היה מפליא אף יותר: הָלְכוּ בַּצִּיּוֹת נָהָר. המילה בַּצִּיּוֹת מתארת מקומות של ציה, חורב ומדבריות [רש"י, רד"ק, מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ, מלבי"ם]. בדרך הטבע, נביעה מועטת במדבר חרב צפויה להתמעט ולהתייבש לחלוטין. ואולם, כאן התרחש ההפך הגמור: המים המועטים הלכו והתגברו עד שהפכו לנהר שוטף בלב השממה [אלשיך, מלבי"ם]. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמים זרמו במקום היבש כאילו היו נהר איתן. מבחינה תחבירית, המילה מָיִם משרתת גם את חציו השני של הפסוק, כך שהכוונה היא ש"מי נהר" הלכו במקומות היבשים [אבן עזרא].
התעצמות פלאית זו של המים, בניגוד מוחלט לטבע העולם, מעידה על כך שמדובר היה במים בעלי איכות רוחנית מיוחדת, בדומה למי הבאר של מרים [אלשיך]. ביטוי לעוצמתו האדירה של הנהר שנוצר ניתן למצוא בפירוש דרשני המקשר את המילה בַּצִּיּוֹת למילה "צי" (ספינה), ולפיו שפע המים היה כה רב עד שבני ישראל נזקקו לספינות כדי לעבור ממקום למקום [מאירי].