השלכתו של יוסף אל בור הכלא המצרי מלווה בייסורים פיזיים קשים. התיאור ממחיש את המציאות האכזרית של המאסר, תוך שרטוט הקשר העמוק שבין עינוי הגוף לסבלה של הנפש.
המילה עִנּוּ מתארת את פעולת העינוי והצער, והיא מתייחסת לרגע שבו אדוניו של יוסף השליכו לבית הסוהר, אף שזהות המענים עצמם אינה מוזכרת במפורש [רד"ק, אבן עזרא, מצודת ציון]. העינוי התבצע בַכֶּבֶל, כלומר באמצעות שלשלאות ברזל עבות שבהן נקשרו רגליו [רד"ק, מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. בפסוק קיים הבדל בין הכתיב לקרי: המילה נכתבת ברבים, רגליו, משום ששתי רגליו נכבלו יחד, אך היא נקראת ביחיד, רַגְלוֹ, כביטוי כולל לאיברי ההליכה [רד"ק, המאירי]. קריאת המילה בלשון יחיד גם רומזת לכך שמאסרו הממושך שימש כעונש חלופי, שכן על פי דיניהם יוסף היה ראוי לעונש מוות בגין החשד במעשה עם אשת פוטיפר, אך הדין הומר בכבילת רגליו בלבד [אלשיך].
הביטוי בַּרְזֶל בָּאָה נַפְשׁוֹ מתאר את כניסתו של יוסף אל תוך כבלי הברזל, כאילו נכתבה אות יחס לפני המילה ברזל [אבן עזרא]. מעבר לכבילת הרגליים, ישנו תיאור של עינוי ממוקד ואכזרי אף יותר, לפיו הונח תחת סנטרו של יוסף שפוד או קולר של ברזל, כך שבכל פעם שניסה להרכין את ראשו, הברזל היה מכה בו ופוצע אותו [רש"י]. גם כאן, הברזל של השלשלאות מתפרש כהמתקת הדין, שכן הוא בא במקומו של ברזל חרב ההוצאה להורג [אלשיך].
הפרשנים דנים בשאלה מדוע הפסוק מציין שדווקא נַפְשׁוֹ באה בברזל, ולא גופו. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא שהמילה "נפש" משמשת כאן ככינוי מושאל לגוף האדם עצמו. עם זאת, גישה נוספת ומעמיקה יותר מסבירה כי נעשה כאן שימוש במילה זו כדי להדגיש את הקשר ההדוק שבין הגוף לרוח. כאשר הגוף הפיזי נתון לעינויים קשים בתוך כבלי הברזל, הנפש הפנימית מתענה, סובלת ונכבלת יחד איתו [רד"ק, מצודת דוד, המאירי].