חתימת פרשת בהר מציגה שני עמודי תווך של הברית בין ה' לעמו: קדושת הזמן וקדושת המקום. ציוויים אלו אינם עומדים בחלל הריק, אלא מהווים עוגן של זהות ונאמנות, במיוחד אל מול סכנות של היטמעות ואובדן דרך.
רוב הפרשנים מסבירים כי מיקומו של הפסוק בסוף הפרשה, העוסקת באדם שירד מנכסיו ונמכר לעבד לגוי, נועד להזהיר את העבד היהודי: אל תלמד ממעשי אדוניך הנוכרי ואל תאמר שכיוון שרבך עובד עבודה זרה ומחלל שבת, תעשה גם אתה כמותו [רבנו בחיי, תורה תמימה, העמק דבר, אדרת אליהו]. לחלופין, הפסוק מהווה אזהרה מראש שלא להימכר לגוי, כדי לא להגיע למצב שבו האדון יכפה על העבד לחלל שבת ולחלל את שם ה' [בכור שור]. פרשנים אחרים מצביעים על הסמיכות של פסוק זה לאיסור עבודה זרה המופיע בפסוק הקודם, ומסבירים כי מצוות השבת שקולה כנגד כל התורה כולה וכנגד איסור עבודה זרה. שמירת השבת והמקדש הם הכלים המרחיקים את האדם מעבודה זרה ומכוונים אותו לעבודת ה' בלבד [אור החיים, רלב"ג, קיצור בעל הטורים].
המילים אֶת־שַׁבְּתֹתַ֣י מתייחסות לשבתות ולחגים [ביאור שטיינזלץ, העמק דבר], ויש להקפיד עליהם גם בתקופות של גלות ושעבוד [ספורנו]. גישה נוספת מרחיבה את המושג גם לשנות השמיטה והיובל שנידונו בהרחבה בפרשה [אור החיים, חזקוני, רד"צ הופמן]. המילה תִּשְׁמֹרוּ רומזת גם לחובה להוסיף מחול על הקודש, כלומר לשמור על קדושת השבת גם לפני כניסתה ולאחר יציאתה [קיצור בעל הטורים].
הציווי וּמִקְדָּשִׁ֖י תִּירָ֑אוּ דורש לשמור על סדרי בית המקדש, להיזהר ממה שמטמא אותו [ביאור שטיינזלץ] ולעלות אליו בשלושת הרגלים [אבן עזרא]. עם זאת, חובת המורא אינה מוגבלת למבנה הפיזי בלבד או לזמן שבו הוא קיים. כשם שהשבת היא אות נצחי, כך מורא המקדש קיים לעולם, וגם לאחר חורבנו חל איסור להיכנס למקום המקדש [דעת זקנים]. בגלות, קדושה זו עוברת ל"מקדשי מעט" שהם בתי הכנסת ובתי המדרש [ספורנו], והיא כוללת חובה כללית לכבד כל דבר המקודש לישראל, במיוחד כאשר חיים בין הגויים [העמק דבר]. לפי דעה אחת, מורא המקדש כאן מתייחס ספציפית לקדושת שנת היובל [חזקוני].
חיבור מעניין בין שני חלקי הפסוק מלמד כי קדושת הזמן גוברת על בניין המקום, ולכן בניין בית המקדש אינו דוחה את שמירת השבת [קיצור בעל הטורים]. מעבר לכך, ישנו קשר של סיבה ותוצאה: בית המקדש נחרב בעוון אי-שמירת שנות השמיטה שנקראות שבתות, ולכן הפסוק מסמיך את שמירת השבתות למורא המקדש, כדי להזהיר שזלזול בשבתות יוביל לחורבן המקדש, וה' ישפוט בחומרה את מי שגרם לכך [אור החיים].
הפסוק נחתם במילים אֲנִ֖י יְהֹוָֽה. הפרשנים מסכימים כי חתימה זו פועלת כהכרזה של מלך המדגיש את סמכותו המוחלטת על פקודותיו. אזכור שמו של ה' נועד להדגיש את חומרת הציווי: ה' הוא נאמן לשלם שכר עצום וחסר קצבה למי שמקיים מצוות אלו, והוא גם זה שיעניש בחומרה רבה את מי שיעבור עליהן [רש"י, רבנו בחיי, תולדות יצחק, שפתי כהן].