לאחר שורת האסונות, הרעב והחורבן שניחתו על העם, נותרת קבוצת פליטים קטנה בארץ גלותם. שארית זו נאלצת להתמודד לא רק עם השלכות מעשיה שלה, אלא גם עם המשא ההיסטורי והמוסרי הכבד שהותירו אחריהם הדורות הקודמים.
המילים וְהַנִּשְׁאָרִים בָּכֶם מתייחסות לאותם פליטים ששרדו את הפורענויות הקודמות, אך ממשיכים להתמעט לאיטם בארצות אויביהם [רלב"ג, ביאור יש"ר, שטיינזלץ, רד"צ הופמן]. מצבם מתואר במילה יִמַּקּוּ, שמשמעותה המסה, ריקבון ודעיכה, בדומה לפצע מוגלתי [רש"י, רשב"ם, אבן עזרא, שטיינזלץ]. מעבר למשמעות הפיזית, מדובר בדיכאון, בייסורים ובשבירה פנימית [ביאור יש"ר], וכן בתהליך של ריקבון מוסרי שבו החוטא שוקע בעבירות מתוך ייאוש וטירוף הדעת [רד"צ הופמן]. יש המזהים את העוון המרכזי שגורם לכך עם שנאת חינם, חטא שהופך להרסני במיוחד כאשר הוא מתרחש בגלות, בארצות האויב [העמק דבר]. עם זאת, עצם הציון שהם ימקו בַּעֲוֹנָם טומן בחובו תקווה: אם יבחרו לשוב בתשובה ולעזוב את עוונם, הם יזכו לרפואה [מלבי"ם].
החלק השני של הפסוק, וְאַף בַּעֲוֹנֹת אֲבֹתָם אִתָּם יִמָּקּוּ, מעורר קושי תיאולוגי שנידון בהרחבה: כיצד ייתכן שהבנים נענשים על חטאי אבותיהם, בניגוד לעיקרון המקראי המפורש הקובע כי אבות לא יומתו על בנים ובנים לא יומתו על אבות? [מזרחי, שפתי חכמים, אדרת אליהו, תורה תמימה].
הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים פותרת זאת באמצעות המילה אִתָּם. לפי גישה זו, הבנים אינם נענשים באקראי על חטאי העבר, אלא רק כאשר עוונות אבותם נמצאים "איתם" – כלומר, כאשר הם בוחרים לאחוז במעשי אבותיהם הרעים ולהמשיך באותה דרך קלוקלת דור אחר דור [רש"י, נתינה לגר, מלבי"ם, תורה תמימה].
מנגד, מספר פרשנים דוחים פירוש זה בשל טעמי המקרא, המחברים את המילה אִתָּם לפועל יִמָּקּוּ שלאחריה, ולא למילה שלפניה. לפיכך, הם מציעים הסברים חלופיים. גישה אחת מבחינה בין עונש ניסי לעונש טבעי: בעוד שהגלות עצמה נגזרה על האבות כעונש ישיר מאת ה', הבנים נולדים לתוך מציאות הגלות וסובלים ממנה כפועל יוצא טבעי. הם נמקים יחד עם האבות כתוצאה מההשלכות הישירות של מעשי הדורות הקודמים [ביאור יש"ר, רד"צ הופמן]. בנוסף, קשה מאוד לבנים להשתחרר מהרגלים ומידות רעות שהורישו להם אבותיהם ללא סיוע והשגחת ה' [רלב"ג], וכך עוונות האבות מצטרפים לעוונות הבנים והם נמקים יחד בגלל החטאים המשותפים [אבן עזרא, שד"ל].
היבט נוסף מתמקד בתודעתם של הגולים. מתוך צערם העמוק בגלות, הם יתחרטו וימקו מכאב על חטאי אבותיהם שחיפשו ישועה באלילים וגרמו לריחוק מארץ ישראל [העמק דבר]. עוצמת הייסורים עשויה אף להוביל אותם לווידוי שאינו כנה לחלוטין, מתוך מחשבה מוטעית שחטאיהם שלהם אינם מספיקים כדי להצדיק עונש כה כבד, ולכן הם תולים את האשמה בשילוב של חטאיהם יחד עם חטאי אבותיהם [תולדות יצחק].
לבסוף, קיימת פרשנות לשונית ייחודית ולפיה המילה אֲבֹתָם אינה מתייחסת כלל להורים, אלא נגזרת מהשורש א.ב.ה, שמשמעותו רצון ותשוקה. לפי פירוש זה, הכתוב מזהיר כי האדם ייענש לא רק על חטאים שביצע בפועל, אלא אף על עבירות שהשתוקק ורצה מאוד לעשות, אך נמנע ממנו להוציאן לפועל רק בשל נסיבות חיצוניות המעכבות בעדו [הכתב והקבלה].