תיאור השער הפנימי של המקדש חושף מבנה אדריכלי ייחודי, המבדיל אותו מהחצר החיצונה דרך כיוון האולמות, העיטורים שעל העמודים, ומספר המדרגות המובילות אליו.
וְאֵלַמָּו אֶל חָצֵר הַחִצוֹנָה
המילה אֵלַמָּו (הנקראת במסורת הקריאה "ואילמיו" [מנחת שי]) מתייחסת לאולמות או לכותלי אולם השער [שטיינזלץ, מצודת דוד]. הפרשנים מסכימים כי פסוק זה מצביע על שינוי מבני מהותי בין החצר הפנימית לחיצונה: בעוד שהאולמות של שער החצר החיצונה פנו פנימה, האולם של השער הפנימי בלט כלפי חוץ, אל עבר החצר החיצונה [רש"י, רד"ק, אברבנאל, מלבי"ם]. בליטה זו מול אולם החצר החיצונה נחשבה לאלמנט אדריכלי המוסיף נוי ויופי למבנה [מצודת דוד]. בנוסף, מבנה זה שבו האולמות פונים החוצה היה הכרחי כדי להשאיר חלל פנוי מספיק בתוך העזרה הפנימית עבור המזבח והכבש הגדול שעלה אליו [מלבי"ם].
וְתִמֹרִים אֶל אֵילָו
המילה אֵילָו (הנקראת "איליו" [מנחת שי]) מכוונת לעמודי השער או למזוזותיו [שטיינזלץ, מצודת דוד]. על גבי עמודים אלו, כמו גם על עמודי המדרגות, היו גילופים וכותרות שעוצבו בצורת עץ תמר [שטיינזלץ, מצודת דוד, מלבי"ם].
וּמַעֲלוֹת שְׁמוֹנֶה מַעֲלָו
אל השער הזה הובילו שמונה מדרגות (המילה הכתובה מַעֲלָו נקראת "מעליו" [מנחת שי]), שדרכן עלו מן החצר החיצונה, היא עזרת ישראל או עזרת נשים, אל עזרת הכהנים [רד"ק, מצודת דוד, אברבנאל, שטיינזלץ, מלבי"ם].
חלק מן הפרשנים מצביעים כאן על הבדל היסטורי משמעותי: בבית המקדש השני היו במקום זה שלוש מדרגות בלבד [רד"ק, אברבנאל]. תוספת המדרגות במקדש העתידי אינה רק שינוי טכני, אלא טומנת בחובה משמעות רוחנית. היא מלמדת שבעתיד תהיה קדושת הכהנים גדולה יותר מאשר בעבר, ולכן הם יובדלו ויורחקו פיזית ורוחנית במידה רבה יותר משאר העם [אברבנאל].