לאחר תיאור החצר החיצונית, מתקדמת המדידה אל החלקים הפנימיים והמקודשים יותר של המקדש. וַיְבִיאֵנִי אֶל־חָצֵר הַפְּנִימִי מציין את הכנסת הנביא אל החצר הפנימית, המזוהה עם עזרת ישראל, כאשר הכניסה נעשית דרך הצד הדרומי [מלבי"ם].
הביטוי הַשַּׁעַר הַדָּרוֹם משמעותו השער הדרומי. מבחינה דקדוקית, הפרשנים מציינים כי יש כאן מבנה לשוני ייחודי של סמיכות המופיעה יחד עם ה"א הידיעה, תופעה שקיימת במספר מקומות נוספים במקרא [רד"ק, מלבי"ם].
כאשר המלאך מודד את שער החצר הפנימית, מתברר כי מידותיו הן כַּמִּדּוֹת הָאֵלֶּה, כלומר זהות למידותיהם של השערים החיצוניים שהוזכרו קודם לכן [מצודת דוד, ביאור שטיינזלץ]. מידות אלו מורכבות מרוחב פתח של עשר אמות ואורך שער של שלוש עשרה אמות, שכן זהו בדיוק העובי של כותל עזרת ישראל [מלבי"ם].