עצתו של יוסף לפרעה עוברת בשלב זה מן התכנון הכללי אל הפן המעשי של היערכות כלכלית ולוגיסטית לקראת שנות הרעב. התוכנית דורשת מערך מורכב של גבייה, אחסון ושימור של תוצרת חקלאית בהיקפים עצומים, תוך התחשבות במניעת תסיסה אזרחית.
המונח אֹכֶל מופיע כאן כשם דבר ולא כפועל [רש"י], והכוונה היא לאיסוף כמות גדולה ככל הניתן [חזקוני]. הפרשנים מצביעים על הבחנה חשובה בין סוגי התוצרת הנאספת. הגישה המרכזית גורסת כי אֹכֶל מתייחס לכלל סוגי המזון, כולל פירות, ירקות וקטניות, בעוד המילה בָר מתייחסת ספציפית לתבואה נקייה שיובשה ויורתה מן התבן, ולכן ראויה לאחסון לטווח ארוך [העמק דבר, מלבי"ם, רבינו בחיי, אבן עזרא]. עם זאת, יש מי שסבור כי בהקשר של פרשה זו אין הבדל מהותי בין המונחים ושניהם מתייחסים לתבואה [שד"ל].
פעולות האיסוף מחולקות לשני שלבים: וְיִקְבְּצוּ היא פעולת הגבייה והאיסוף הראשוני מבעלי השדות, ואילו וְיִצְבְּרוּ היא הפעולה הפיזית של אגירת התבואה בערימות או באסמים תת-קרקעיים [רשב"ם, שד"ל, רבינו בחיי]. קיימת מחלוקת לגבי אופי הגבייה: יש הסבורים כי התבואה נלקחה מן האזרחים בכפייה וללא תמורה כחלק ממס של חמישית מן היבול [רשב"ם, רד"ק], לעומת דעה כי התבואה נקנתה מהם בכסף מלא [שד"ל]. גישה נוספת מציעה כי האזרחים אגרו את התבואה בעצמם, אך הוטל עליהם איסור חמור לייצא אותה מחוץ למדינה [ביאור יש"ר].
התבואה נאספה תַּחַת יַד־פַּרְעֹה, כלומר תחת רשותו, סמכותו ופיקוחו הישיר [רש"י, רלב"ג, רבינו בחיי, נתינה לגר]. עם זאת, יוסף מייעץ שפיזור המזון יהיה אֹכֶל בֶּעָרִים – האחסון לא ירוכז בעיר הבירה בלבד, אלא כל עיר תשמור את התבואה שגדלה בסביבתה. לאסטרטגיה זו היו מספר יתרונות: מבחינה לוגיסטית, היא חסכה את הוצאות השינוע ממקום למקום [הטור הארוך]. מבחינה פוליטית ופסיכולוגית, השארת המזון בתוך הערים נועדה להרגיע את האזרחים. כאשר התושבים ראו שהממשל אינו מייצא את התבואה למטרות מסחר אלא שומר אותה קרוב לביתם, דעתם התיישבה והם קיבלו על עצמם את עול המסים הכבד ללא מרד [הטור הארוך, ביאור יש"ר, רש"ר הירש]. למרות שהאחסון היה מבוזר בערים השונות, ניהול המכירות בפועל בשנות הרעב נותר ריכוזי לחלוטין בידיו של יוסף [ברכת אשר].
לבסוף, המילה וְשָׁמָרוּ מקפלת בתוכה משמעות כפולה. מצד אחד, הצבת שומרים ופקידים שיגנו על האוצרות מפני גניבה ושוד [העמק דבר, מלבי"ם]. מצד שני, שימור פיזי של המזון מפני ריקבון. מכיוון שהאוויר במצרים היה לח בגלל נהר היאור, היה צורך לערבב את התבואה עם עפר וחומרים משמרים אחרים, ולאחסן אותה במבנים תת-קרקעיים כדי שתחזיק מעמד במשך שבע שנים שלמות [אבן עזרא, רבינו בחיי, צאינה וראינה, מחוקקי יהודה].