הטופוגרפיה המורכבת של זירת הקרב מציבה מכשול פיזי ואסטרטגי אדיר. שני סלעים תלולים, המכונים "שיניים", מזדקרים משני עברי הגיא ויוצרים מעבר צר וקשה, שדרכו נאלץ יהונתן לעבור בדרכו אל מחנה האויב.
המילה מָצוּק מתפרשת על ידי רוב הפרשנים במשמעות של מוצב, ניצב או עומד במקומו [מצודת ציון, מצודת דוד, רד"ק, ביאור שטיינזלץ]. עם זאת, יש המבארים כי המילה מתארת מבנה משופע ועולה [רש"י], או לחלופין, על פי התרגום לארמית, מציינת נקודת תצפית והשקפה [רד"ק]. המילה מוּל פירושה נגד, כלומר ממול [מצודת ציון].
הביאור משרטט את המערך הגיאוגרפי של שני הסלעים: הסלע הראשון ניצב מִצָּפוֹן מוּל מִכְמָשׂ, עמדתו פונה אל עבר מחנה הפלשתים שחנו שם [רד"ק, מצודת דוד, אלשיך]. הסלע השני ניצב מִנֶּגֶב, כלומר בדרום, מוּל גָּבַע, המקום שבו חנו ישראל ושממנו יצא יהונתן לדרכו [רש"י, רד"ק]. התוואי דרש מיהונתן לחצות ממש בין שני הסלעים הללו [רד"ק].
מעבר למיקום הגיאוגרפי, המבנה של הצוקים יצר קושי טקטי חסר תקדים. הסלע שעמד בסמוך לגבע היה תלול וחלק לחלוטין מצידו הצפוני, כך שלא ניתן היה לרדת ממנו. מנגד, הסלע הסמוך למכמש היה חלק ותלול מצידו הדרומי, כך שהעלייה אליו נראתה בלתי אפשרית. בשל החלקות והשיפוע החד של הצוק הפונה למכמש, נאלץ יהונתן לטפס עליו בקושי רב על ידיו ועל רגליו [אלשיך]. המבנה הטופוגרפי החריג הזה העצים באופן דרמטי את סכנת המבצע, שכן מעבר לנחיתות המספרית הבולטת של שני אנשים בלבד מול מחנה אויב כבד, הם נאלצו להתמודד גם עם תנאי שטח שכמעט ולא אפשרו גישה אל היעד [מלבי"ם].