מהלך קרב מפתיע של שני אנשים בלבד מצליח לערער לחלוטין את ביטחונו של צבא פלשתים, ולהפיל עליו אימה בלתי מוסברת. הבהלה שאחזה בפלשתים התפשטה במהירות במערכות הצבא השונות, עד שיצרה מהומה מוחלטת.
התפשטות הפחד החלה מתוך תפיסה שגויה של זירת הקרב. מכיוון שיונתן ונושא כליו הגיעו לאמצע הדרך שבין עמדות השמירה לבין המחנה המרכזי והכו שם, יושבי המחנה סברו בטעות שהכוח ששמר על הגבול כבר הושמד משום שהתוקפים עברו אותו. מחשבה זו עוררה בהלה עצומה במחנה, וזו בתורה הקרינה חזרה והדביקה גם את עמדות השמירה [מלבי"ם].
הפסוק מדגיש כי הַמַּצָּב וְהַמַּשְׁחִית, כלומר החיל החונה והכוח המסתער [ביאור שטיינזלץ], או שרי הצבא ואנשי ההשחתה, נדבקו בפחד וחרדו אף הם. הדגשה זו נועדה להעצים את גודל הפלא, שכן מדובר באנשי מלחמה אמיצי לב [מצודת דוד] האוחזים בחרב ובחנית [רד"ק], שבאופן טבעי אינם נוטים להיבהל.
עוצמת הפחד מתוארת במילים וַתִּרְגַּז הָאָרֶץ, שמשמעותן רעדה [מצודת ציון, ביאור שטיינזלץ]. עם זאת, יש המפרשים ביטוי זה לא כרעידת אדמה ממשית, אלא כהפלגה וגוזמה [מצודת דוד], או כמשל לכך שכל מחנה פלשתים רעד וזע [רד"ק].
לגבי סיום הפסוק, וַתְּהִי לְחֶרְדַּת אֱלֹהִים, קיימות שתי גישות מרכזיות בקרב המפרשים. הגישה האחת מסבירה כי מדובר בתיאור לשוני של חרדה גדולה ועצומה, שכן במקרא נעשה לעיתים שימוש בשם ה' כדי להגדיל ולהעצים דבר מה [מצודת דוד, רלב"ג, ביאור שטיינזלץ]. לעומת זאת, הגישה השנייה גורסת כי מדובר בתיאור מהותי של מקור הפחד. לפי פירוש זה, לא הייתה זו חרדה טבעית, אלא אימה על טבעית שהפיל עליהם ה' כחלק מהשגחתו [מלבי"ם, רלב"ג, רד"ק]. התערבות אלוהית זו היא שהובילה אותם להילחם איש באחיו, שכן מבחינה הגיונית לא הייתה כל סיבה שצבא שלם יחרד מפני שני לוחמים בלבד [רלב"ג, רד"ק].