על אף הנסים הגדולים שחוו בני ישראל במדבר, הם לא חדלו ממעשיהם הרעים. המים שניתנו להם הגיעו מתוך חטא ותלונה, ואחרי כל אלו וַיּוֹסִיפוּ לחטוא [רד"ק, מצודת דוד]. חטאם התבטא בהמשך ההתרסה כלפי ה', במטרה לַמְרוֹת את פיו, כלומר למרוד בו ולהקניט אותו [רש"י, מצודת ציון, שטיינזלץ].
המרד התרחש בַּצִּיָּה, שהוא אזור מדברי, צמא ושומם [אבן עזרא, מצודת ציון]. הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שמהות החטא הייתה פקפוק ביכולתו של ה' לספק את צורכיהם. בני ישראל ניסו את ה' ודרשו בשר, מתוך מחשבה שידו תקצר מלהעניק להם זאת במדבר. אילו היו מאמינים באמת ביכולתו, היו פונים אליו בתפילה ולא בתלונה [מאירי].
הכתוב מדגיש שהמרד היה כלפי עֶלְיוֹן, כדי לחדד את האבסורד שבחטאם. הרי ה' הוא עליון ושולט בכול, וכשם שהיה בידו להוציא מים מסלע יבש ולהוריד מן מהשמיים, כך בוודאי יכול היה לספק להם בשר [רד"ק]. אולם, מסתבר שבני ישראל היו עדיין שקועים בתפיסות אליליות שספגו במצרים. הם האמינו כי האל העליון, סיבת הסיבות, אינו משגיח על פרטי העולם, אלא מותיר זאת לכוחות טבעיים מוגבלים. לכן טעו לחשוב שהאל שעשה להם נסים הוא רק כוח מקומי ומוגבל, והכחישו את השגחתו הישירה במדבר [מלבי"ם].
אזכור המילה בַּצִּיָּה מוסיף נדבך נוסף להבנת החטא, ויש בו שתי פנים. מחד גיסא, הדבר מעצים את כפיות הטובה של העם, שכן הם בחרו למרוד בה' דווקא במקום צמא שבו היו זקוקים לו יותר מכול [אבן עזרא]. מאידך גיסא, יש מי שרואה בציון המקום מעין סנגוריה על ישראל: עצם השהייה במדבר השומם, מקום ששולטת בו טומאה וקליפה רוחנית קשה, היא זו שהשפיעה עליהם לרעה וגרמה להם לחטוא [חומת אנך].