למרות שחוו ענישה אלוהית וראו במו עיניהם אירועים על-טבעיים, עם ישראל התמיד במריו ובחוסר אמונתו. מעגל זה, של צפייה בניסים, קבלת עונש על חטאים, וחזרה מיידית לתלונות וספקות, עומד במוקד מסעם של בני ישראל במדבר.
המילים בְּכׇל־זֹאת מדגישות כי אף לאחר שראו שה' משלם גמול ומעניש את החוטאים [מצודת דוד], ואף לאחר שנענו בקשותיהם וקיבלו בשר [מלבי"ם], הם המשיכו להתלונן ולנסות את ה' [אלשיך, ביאור שטיינזלץ].
באשר למשמעות המילים חָטְאוּ־עוֹד, הגישה המרכזית בקרב הפרשנים היא שהכוונה היא בראש ובראשונה לחטא המרגלים. עם זאת, יש המרחיבים את היריעה ורואים בכך תיאור של דפוס פעולה מתמשך הכולל את עשרת הניסיונות שבהם ניסו את ה' במדבר [אבן עזרא], את תלונותיהם החוזרות על המן, את מרד עדת קורח ואת חטא מי מריבה [רד"ק, מאירי, אלשיך].
חלקו השני של הפסוק, וְלֹא־הֶאֱמִינוּ בְּנִפְלְאוֹתָיו, מבאר את שורש החטא. למרות הניסים הגלויים שנעשו להם במצרים ובמדבר, הם כשלו מלהשליך מכך על העתיד. הם לא האמינו שמי שחולל את הפלאות הללו מסוגל גם לכבוש את שבעת עממי כנען ולהכניסם לארץ ישראל [רד"ק, אלשיך, מלבי"ם]. מנגד, מוצגת גישה ולפיה חוסר האמונה היה עמוק אף יותר, שכן ייתכן שהם כפרו בניסים עצמם וייחסו את פלאות ה' לתחבולות אנושיות או למעשי מרמה [מאירי]. על פי המסורה, המילה בְּנִפְלְאוֹתָיו נכתבת בחלק מהספרים המדויקים בכתיב מלא עם האות וי"ו [מנחת שי].