תגובתו החריפה של ה' לתלונות בני ישראל במדבר אינה נובעת רק ממילים שנאמרו בקול, אלא מהבנה עמוקה של ספקות הלב. כאשר העם מפקפק ביכולותיו של ה' לדאוג להם, התגובה האלוהית היא כפולה וקשה.
המילה וַיִּתְעַבָּר מתארת את תגובתו של ה' – הוא כעס והתמלא בעברה וזעם [שטיינזלץ, מצודת ציון, מצודת דוד]. בעקבות כעס זה, וְאֵשׁ נִשְּׂקָה – כלומר, אש הובערה. המילה נִשְּׂקָה (הכתובה באות שי"ן שמאלית) היא מלשון היסק, תבערה והדלקה [רש"י, מצודת ציון, מנחת שי].
הפרשנים נחלקים בהבנת מהותה של אותה אש ומשמעות הכפילות בפסוק. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים היא כי מדובר בתיאור מטאפורי: האש מסמלת את חרון אפו של ה' ואת עונשו היוקד כאש, כאשר חציו השני של הפסוק, וְגַם אַף עָלָה בְיִשְׂרָאֵל, חוזר על אותו רעיון במילים שונות לשם הדגשה ותוספת זעם [אבן עזרא, מצודת דוד, מאירי].
לעומת זאת, גישה פרשנית אחרת רואה בפסוק רמז היסטורי מדויק לשני אירועים שונים שהתרחשו באותו מקום במדבר. לפי פירוש זה, החלק הראשון, וְאֵשׁ נִשְּׂקָה בְיַעֲקֹב, מכוון לחטא "המתאוננים" במקום שנקרא "תבערה", שם בערה אש ה' בקצה המחנה, בקרב פשוטי העם המכונים כאן "יעקב". החלק השני, וְגַם אַף עָלָה בְיִשְׂרָאֵל, מתייחס לחטא שבא מיד לאחר מכן ב"קברות התאווה", כאשר העם, ובתוכם גם המובחרים והגדולים המכונים "ישראל", בכו ודרשו בשר [רד"ק, מלבי"ם, אלשיך].
הסיבה המהותית לכעסו העז של ה' בשני המקרים לא הייתה עצם הבקשה לבשר או לאוכל, אלא חוסר האמונה שהסתתר מאחוריה. ה' שמע והבין את מחשבות ליבם של ישראל, שהטילו ספק בכוחו האינסופי וביכולתו לכלכל אותם ולהושיע אותם. עצם הפקפוק בהשגחתו של ה', גם אם נעשה רק במחשבה ובלב, נחשב בעיניו כאילו נאמר בפירוש, ועל כך באה הענישה החמורה [רד"ק, אלשיך, מלבי"ם].