בחלקה האחרון והקשה של פרשת התוכחה, מופיעה אזהרה מפני פורענויות שאינן מפורשות בטקסט עצמו. הפרשנים מסבירים כי כׇּל־חֳלִי וְכׇל־מַכָּה אֲשֶׁר לֹא כָתוּב מתייחס למחלות חדשות ובלתי מוכרות שלא היו קיימות במצרים, ולכן מעוררות חרדה כבדה, וכן למכות של ביזיון והשפלה [העמק דבר, ביאור שטיינזלץ]. מעבר למובן הפיזי, מפרשים אחרים מוצאים במילים אלו רמז לטרגדיות היסטוריות ספציפיות. הגישה המרכזית בקרב מספר פרשנים [בכור שור, חזקוני, פענח רזא] קושרת זאת למאורע מזעזע מימי החורבן, שבו שובי ישראל היו קושרים בחורים יהודים יפי תואר למיטותיהם, כדי שנשותיהם יביטו בהם בשעת תשמיש וילדו ילדים יפים כמותם. פירושים נוספים רואים במכות הלא כתובות רמז לעלילות השקר הקשות שהאומות מעלילות על ישראל [פענח רזא], או אף למיתתם של צדיקים, שעל פי המדרש נמשחים בדיו שנותר מכתיבת התורה [חנוכת התורה].
סביב המילה יַעְלֵם מתקיימת מחלוקת פרשנית ענפה, המתחלקת לשתי גישות מרכזיות. הגישה המרכזית בקרב רוב הפרשנים [רש"י, אבן עזרא, מזרחי, שפתי חכמים, גור אריה, ברטנורא, ביאור יש"ר] היא שהמילה נגזרת מלשון "עלייה" או הבאה, כלומר ה' יעלה ויביא את המכות הללו על העם. הפרשנים מדגישים כי אין לפרש זאת מלשון "העלמה" וסודיות, שכן המכות נועדו להיות מפורסמות וגלויות לעין כל, כדי שעם ישראל יהפוך למשל ולשנינה בקרב העמים [ברטנורא, מזרחי]. מנגד, גישה שניה המבוססת על ספר הזוהר [משכיל לדוד, שפתי כהן, הכתב והקבלה] מפרשת את המילה דווקא מלשון העלמה והסתרה. לפי תפיסה זו, טמונה כאן נחמה נסתרת בתוך התוכחה: ה' יכבוש ויעלים את סכנת ההשמדה הטוטאלית, ויבטיח שזכרם של ישראל לא יאבד לעולם.
גם סיומו של הפסוק, עַד הִשָּׁמְדָךְ, זוכה למבט כפול. מצד אחד, יש הרואים בכך תיאור של מציאות קשה שבה העם ילך ויתמעט עד שיוגלה מארצו ויתפזר בכל קצוות תבל, כפי שאכן אירע בגלויות השונות [רלב"ג]. מצד שני, מפרשים אחרים רואים במילה "עד" ביטוי של קדימות ורחמים, במשמעות של "לפני". כלומר, מצד הדין היה ראוי שהעם ייענש בהשמדה מוחלטת, אך מתוך רחמיו יביא ה' עליהם את המחלות כעונש קל יותר שיבוא במקום ולפני ההשמדה, כך שההשמדה עצמה לא תצא לפועל [הכתב והקבלה]. בנוסף, יש המציינים כי צורת הכתיב החסרה של המילה מרמזת בסופו של דבר על השמדתם של אויבי ישראל [שפתי כהן].